公司三體系認證辦理流程如下：
1、企業(yè)資料準備階段。本年年檢過的企業(yè)的執(zhí)照、資質證書、組織機構代碼證、各種施工設備的檢驗檢測報告等是否齊備。有沒有根據企業(yè)的情況建立體系，形成受控文件并且運行改進。體系的建立可以自行完成，可以找咨詢機構協(xié)助，咨詢機構會收取相應費用，體系的文件建立一般包括三大體系的手冊，二階控制程序文件，三階各種操作指南、規(guī)定規(guī)章等，一些記錄文件等，其中環(huán)境、職業(yè)健康涉及危險源識別于很多法律法規(guī)，建議不了解還是找咨詢機構比較合適；
2、申請認證階段。當企業(yè)將所有的資料及現(xiàn)場都準備妥當，向認證機構提出認證申請，填寫了申請表后認證機構會根據企業(yè)實際情況擬定合同，簽訂后合同后將進行審核階段；
3、認證階段。審核機構將派遣本機構審核員對企業(yè)進行審核，一般分為兩個階段，一階段為文件審核階段，會對企業(yè)提出一些改進意見，當企業(yè)將修改意見改正完畢后，才能安排進行第二階段的現(xiàn)場審核，現(xiàn)場審核其實就是看企業(yè)是否按照自己建立的體系執(zhí)行，會對不合格的地方提出改進意見；
4、不合格項族鄭亂改進與頒發(fā)證書。改進完成不審核員提出的不合格項目后，給審核員驗證符合后，在結清費用的情況下，認證機構將會頒發(fā)認證證書。